Auf der nächsten Stufe in der religiösen Hierarchie der Scientology steht die „Church of Scientology Flag Service Organization“ (kurz „Flag“ genannt) in Clearwater, Florida – die größte eigenständige Scientology-Kirche der Welt.
Das Wort „Flag“ im Namen dieser Kirche stammt von der Apollo her, die ab 1967 das Flaggschiff („flagship“) einer kleinen Flotte von Schiffen war, die in den 60er und 70er Jahren als Ausbildungsstätten sowie als Orte dienten, an die man sich zur religiösen Besinnung zurückziehen konnte. Auch nachdem Flag seinen Sitz auf das Festland verlegte hatte, wurde der Name aus Tradition beibehalten.
Diese Kirche bildet Auditoren der höchsten Stufen aus. Regionale Kirchen und Missionen senden regelmäßig hauptamtlich aktive Mitglieder zu dieser besonderen Ausbildung. Die Flag Service Organization führt auch Auditing bis hin zu sehr hohen OT-Stufen durch.
Flag ist der spirituelle Hauptsitz der Religion und gleichsam das „Mekka der Scientology“. Scientologen aus aller Welt reisen dorthin, um an religiösen Diensten in einer einzigartigen Umgebung teilzunehmen. In Flag arbeiten ungefähr 800 hauptamtlich aktive Mitglieder, von denen viele mehrere Sprachen sprechen, um sich um ihre internationale Gemeinde kümmern zu können.