Jede einzelne Scientology Kirche ist eine eigenständige eingetragene Körperschaft unter ihrem eigenen Vorstand. Die Vorstände bilden auch die Kirchenleitung, und sie sind vollständig dafür verantwortlich, dass die Gemeindemitglieder die Religion in der Kirche praktizieren können.
Die Church of Scientology International (CSI), die Mutterkirche der Scientology Religion, befindet sich in Los Angeles. Die CSI beaufsichtigt die Aktivitäten aller Scientology Kirchen, Organisationen und Gruppen auf der ganzen Welt und sorgt dafür, dass die einzelnen Kirchen Anleitung für ihr kirchliches Amt erhalten. Die CSI sorgt auch für die Planung und Anleitung, um das weltweite Wachstum der Kirche zu fördern.